Tout part de tests PCR inhabituels. Un après-midi du 4 novembre, une scientifique, Alicia Vermeulen, repère une anomalie dans un résultat de test. Un test positif, mais n’a pas détecté le gène S, celui qui produit la protéine Spike et qui est l’un des trois gènes qui servent habituellement à confirmer la positivité d’un test. C’est ce qu’on appelle une délétion, et c’est un indice laissant supposer que le gène a peut-être subi des mutations. « Ça a tout de suite attisé ma curiosité », a-t-elle confié au site d’informations News24. « Nous avons voulu savoir ce qui causait cette délétion du gène S, car ça ressemblait à ce qu’on avait observé auparavant avec le variant Alpha. »
Alors que le nombre de tests présentant cette caractéristique augmente au fil des jours, les scientifiques du Lancet décident de séquencer un échantillon, à Johannesburg. « On supposait qu’il s’agissait d’un variant, mais on ne savait pas lequel », raconte le professeur Eftyxia Vardas, virologue aux laboratoires Lancet. « C’est quand il a été séquencé que les scientifiques qui s’en chargeaient se sont rendu compte que c’était un variant complètement nouveau. » Les génomes séquencés sont alors envoyés pour analyse au Centre national des maladies infectieuses.
« C’était impossible qu’il y ait autant de mutations ! »
Il est 21 heures, vendredi 19 novembre, lorsqu’au Centre national des maladies infectieuses la chercheuse Jinal Bhiman et son équipe reçoivent les premiers résultats d’analyse de ces tests PCR étranges. Alors que le génome apparaît à l’écran de l’ordinateur, Jinal et ses collègues n’en croient pas leurs yeux. « Notre première réaction, à nous quatre, ça a été : Non, il y a un problème, c’est une erreur. C’était impossible qu’il y ait autant de mutations sur une seule séquence. On ne croyait pas nos résultats ! »
La séquence présente 50 mutations, soit quatre à cinq fois plus que pour les précédents variants. La protéine Spike en a 32 à elle seule. Jinal Bhiman et son équipe décident alors de refaire l’analyse. Par deux fois, ce week-end-là, ils recommencent, mais obtiennent à chaque fois le même résultat. « On a donc décidé de réaliser l’analyse par un canal différent, pour être vraiment sûrs, et lundi on a eu la confirmation que c’était vrai. »
Le Centre national des maladies infectieuses annonce alors la découverte au gouvernement, puis à l’OMS, et entre mardi et jeudi tous les centres de diagnostic multiplient les analyses de tests PCR en se concentrant sur ce gène S. Jeudi 25 novembre, le KRISP, la Plateforme de recherche, innovation et séquençage du KwaZulu-Natal, annonce la découverte d’un nouveau variant lors d’une conférence de presse du gouvernement.
Source : lepoint
